Zgodnie z ustawą Prawo przedsiębiorców czas trwania wszystkich kontroli organu kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym jest ograniczony. Jak wynika z art. 55 ust. 1 Prawa przedsiębiorców, kontrola może trwać 12 dni roboczych u mikroprzedsiębiorców, 18 dni roboczych u małych przedsiębiorców, 24 dni roboczych u średnich przedsiębiorców oraz 48 dni roboczych u pozostałych przedsiębiorców.

Co do zasady kontrola przeprowadzana jest w siedzibie przedsiębiorcy lub w miejscu wykonywania działalności gospodarczej oraz w godzinach pracy lub w czasie faktycznego wykonywania działalności przez przedsiębiorcę. Za zgodą lub na wniosek przedsiębiorcy może ona odbywać się w miejscu, w którym przechowywana jest dokumentacja niezbędna do przeprowadzenia kontroli, jeżeli może to usprawnić jej przebieg. Za zgodą przedsiębiorcy kontrola lub poszczególne czynności kontrolne mogą być również przeprowadzane w siedzibie organu kontroli, jeżeli może to usprawnić prowadzenie kontroli. Co do zasady, czynności kontrolne powinny być wykonywane w obecności przedsiębiorcy lub osoby przez niego upoważnionej. Dlatego do czasu trwania kontroli nie wlicza się czasu nieobecności przedsiębiorcy lub osoby przez niego upoważnionej, jeżeli stanowi to przeszkodę w wykonaniu czynności kontrolnych. W przypadku nieobecności przedsiębiorcy lub osoby przez niego upoważnionej albo niewykonania przez przedsiębiorcę obowiązku w zakresie wyznaczenia osoby do zastępowania go, czynności kontrolne mogą być wykonywane w obecności innego pracownika przedsiębiorcy lub osoby zatrudnionej u przedsiębiorcy w ramach innego stosunku prawnego, którzy mogą być uznani za osobę, o której mowa w art. 97 Kodeksu cywilnego, lub w obecności przywołanego świadka, którym powinien być funkcjonariusz publiczny, niebędący jednak pracownikiem organu przeprowadzającego kontrolę.

Ponadto czas kontroli liczony w dniach roboczych należy odnieść do kontroli w ścisłym rozumieniu tego pojęcia. Są to czynności organu kontrolującego w siedzibie przedsiębiorstwa, związane m.in. z zapoznaniem się z dokumentacją i zabezpieczeniem dokumentów, akt oraz innych środków dowodowych znajdujących się u kontrolowanego na cele dalszego postępowania.

W przypadku gdy wyniki kontroli wykażą rażące naruszenie przepisów prawa przez przedsiębiorcę, można przeprowadzić powtórną kontrolę w tym samym zakresie przedmiotowym w danym roku kalendarzowym, a czas jej trwania nie może przekraczać 7 dni. Czasu trwania powtórnej kontroli nie wlicza się do ogólnych limitów kontroli.

Jak wskazuje się w orzecznictwie  nawet przekroczenie terminu kontroli nie uzasadnia dyskwalifikacji dowodów uzyskanych w jej trakcie (wyrok NSA z dnia 8 grudnia 2016 r., sygn. akt I FSK 775/15).

Dodatkowo należy pamiętać, że ustawodawca wyróżnił katalog przypadków, w których ograniczenie liczby dni kontroli u jednego przedsiębiorcy nie ma zastosowania.. Należą do nich sytuacje w których:

• ratyfikowane umowy międzynarodowe albo bezpośrednio stosowane przepisy prawa Unii Europejskiej stanowią inaczej,
• przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia, przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska,
• kontrola jest prowadzona w toku postępowania prowadzonego na podstawie przepisów ustawy z dnia 16 lutego 2007 r. o ochronie konkurencji i konsumentów, kontrola jest prowadzona na podstawie art. 23b lub art. 23r ust. 1 ustawy z dnia 10 kwietnia 1997 r. – Prawo energetyczne,
• kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu, przeprowadzenie kontroli jest realizacją obowiązków wynikających z przepisów prawa Unii Europejskiej o ochronie konkurencji lub przepisów prawa Unii Europejskiej w zakresie ochrony interesów finansowych Unii Europejskiej,
• kontrola dotyczy podmiotów, którym na mocy odrębnych przepisów właściwy organ wydał decyzję o uznaniu prawidłowości wyboru i stosowania metody ustalania ceny transakcyjnej między podmiotami powiązanymi – w zakresie związanym z wykonaniem tej decyzji,
• kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków związanych z budownictwem mieszkaniowym,
• kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków poniesionych w związku z budową pierwszego własnego mieszkania,
• kontrola jest kontrolą amerykańskich rachunków raportowanych uregulowaną w ustawie z dnia 9 października 2015 r. o wykonywaniu Umowy między Rządem Rzeczypospolitej Polskiej a Rządem Stanów Zjednoczonych Ameryki
• w sprawie poprawy wypełniania międzynarodowych obowiązków podatkowych oraz wdrożenia ustawodawstwa FATCA.